業務系プログラマーとWeb系プログラマーには共通しているデメリットもあるが違いもある。
共通点として挙げられるのが高いプログラミングスキルを持っていても発揮しにくい点であり、どちらもテンプレートの改変や既存のものの応用が基本的に必要とされるだけになっていることがある。
業務系プログラマーの場合には勤務先で開発された基盤のシステムをカスタマイズする場合も多く、クライアントへの納入後も若干の修正をしていくだけでスキルはあまり必要ないことが多い。
Web系プログラマーの場合にはほとんどのアプリケーションはテンプレート的に作成されてしまっているため、それをデザインに合わせるだけで済むことが大半を占めている。

一方、相違点として要求される能力があり、どちらも苦手な方を選んでしまうとデメリットになりやすい。
業務系プログラマーはクライアントの要求に柔軟かつ速やかに応えなければならないことから体力的要求が大きくなりがちである。時間を問わずに問い合わせが来て、速やかに現場に急行しなければならないことも少なくない。
Web系プログラマーはマルチタスクを要求されやすいのが特徴である。一人で複数のクライアントからの発注に応じて開発を同時進行しなければならないこともある。そのため、思考の柔軟性がないと仕事が滞ってしまいやすくなる。
体と頭のどちらを使うのが得意かによって選ぶことが重要であり、逆を選んでしまうと苦労することは覚悟しなければならない。